스타트업 세무 리스크, 방심하면 진짜 ‘세무조사’까지?

“우리 회사는 별 일 없겠지..”

그 방심이, 세무 조사로 이어질 수 있어요 😮

2025년 하반기,
스타트업을 운영하는 대표님들께는 그 어느 때보다 세무 리스크가 집중되는 시기예요.

• 7월 - 부가세 확정 신고

• 8월 - 법인세 중간 예납

• 10~12월 - 연말정산 대비 시즌

표면적으로 7,8월 신고는 끝났지만,
국세청의 눈은 이제 ‘이상 징후’를 추적하기 시작했어요.

2025년부터는 국세청이 AI 기반 세무조사 선별 시스템을 도입해,
과거보다 훨씬 정교하게 세무조사 대상자를 가려낸다고 해요.

특히 올해 8월부터 개인사업자 대상까지도 AI가 이상 패턴을 자동 분석해 조사 후보군으로 선별한다고 해요.

작은 착오, 단순한 증빙 누락, 관행처럼 넘겼던 처리 방식 하나가 의심 패턴으로 분류되어 예고 없는 세무조사로 이어질 수 있는 시대예요.

위 동영상은 2025년 변경되는 홈택스 서비스에 대한 내용을 담고 있어, 세무 행정 관련 정보를 이해하는 데 도움이 됩니다.

스타트업은 더더욱 ‘사각지대’에 놓이기 쉬워요

스타트업은 빠른 실행력과 유연한 구조가 강점이지만,
바로 그 특성 때문에 세무 측면에서는 관리의 공백이 생기기 쉽습니다.

• 대표가 1인일 경우가 많고

• 인사/회계 인력이 부재한 경우도 많고

• 세무사는 ‘기장만’ 맡고 있는 경우가 대부분이죠

이런 상황에서 세무조사는 단순한 불편이 아니라
경영 리스크 그 자체가 될 수 있어요.

그래서 지금, 하반기 본격적인 세무 점검에 앞서
우리 회사가 놓치고 있는 ‘세무 리스크 시그널’ 5가지를 꼭 확인해보셨으면 해요.

“우리 회사도 혹시 해당되나?” 스스로 점검해볼 수 있도록 콘텐츠를 이어가볼게요.

법인카드, 혹시 아직 ‘개인 지출용’인가요?

스타트업 대표님들 사이에서 “법인카드로 점심도 먹고, 장도 보고” 하는 이야기는 흔히 들려요. 하지만 이건 절세가 아니라, 세무조사 리스크를 키우는 지름길이에요.

법인카드는 말 그대로 ‘법인’의 자금으로 지출하는 것이기 때문에,
업무 관련성이 명확한 지출만 허용돼요.

만약 대표의 개인 식사, 여행, 쇼핑 등이 법인카드로 처리되면,
이 비용은 법인의 비용으로 인정받지 못하고, 대표 개인의 소득(상여)로 간주되어 법인세는 물론 추가 소득세까지 부담하게 될 수 있어요.

👉 해결 방법은요?

• 업무 관련 지출만 법인카드로 사용하기

• 세금계산서, 현금영수증 등 증빙자료 꼼꼼히 수집하기

• 매달 법인카드 사용 내역을 점검해 개인 지출을 분리해두기

작은 실수처럼 보여도, AI 기반 조사 시스템은 이런 패턴을 ‘의심 징후’로 감지할 수 있다는 점, 절대 잊지 마세요!

인건비, 증빙 없이 지급하고 있진 않아요?

초기 스타트업은 내부 인력도 부족하고, 외부 리소스를 많이 활용하게 돼요. 가족 급여, 프리랜서 계약, 단기 아르바이트, 혹은 스톡옵션까지…
다양한 인건비 지급 방식이 혼재돼 있죠.

문제는 이런 인건비가 서류 없이 지급되면, 세무상 비용으로 인정받지 못하거나, 가공 인건비로 판단될 수 있다는 거에요.

특히 가족에게 급여를 지급하는 케이스는,

• 근로계약서

• 업무 일지, 이메일 등 실제 근무 증빙

• 급여 이체 내역까지

투명하게 갖춰야 인정 받을 수 있어요.

프리랜서나 외주 인력에게는 용역 계약서 + 3.3% 원천징수 신고가 필수예요.

신고 누락이 반복되면, 추후 소급 납부 및 가산세가 붙을 수 있습니다.

요즘은 스톡옵션 관련 세무 이슈도 중요해졌어요.
부여, 행사, 매각 시점마다 세무 처리가 달라지기 때문에,
단순하게 넘기지 말고 반드시 전문가와 검토해보셔야 해요.

R&D 비용, 혹시 과하게 처리하고 있진 않나요?

스타트업은 R&D 세액공제를 통해 세금을 아끼려는 경우가 많아요.
그런데 여기엔 아주 정교한 요건과 철저한 증빙이 필요하다는 걸 종종 간과하죠.

단순 회의비, 일반 마케팅비, 식사비 등을 ‘연구개발비’로 처리하는 실수는 세무조사 시 단번에 적발되고, 공제 환수 대상이 됩니다.

공제의 핵심은 사용 항목이 아니라 요건 충족 여부예요.

• 기술성, 혁신성 요건 체크

• 연구과제 명확화

• 연구노트 및 결과물 정리

• 비용 집행 내역 상세 기록

이 모든 것을 빠짐없이 준비해야 세무조사 시에도 자신 있게 대응할 수 있어요.
회계팀이 없다면, R&D 세액공제 경험이 있는 세무사와 함께 설계하는 것이 안전합니다.

매출은 늘었는데, 재무제표는 따라오고 있나요?

초기 스타트업일수록 ‘성장’에 집중하느라 정작 재무관리는 뒤로 밀리기 쉬워요.

하지만 투자 유치 단계에서 가장 먼저 검토되는 건 바로 재무제표예요.

• 급격히 오른 매출 대비 이익률이 낮다면?

• 인건비나 외주비가 비정상적으로 높게 잡혀 있다면?

이런 지표 하나하나가 투자자에게도, 세무조사 시스템에도
‘이상 신호’로 작동할 수 있어요.

스타트업의 재무제표는 단순한 숫자표가 아니라 신뢰를 증명하는 증명서예요.

최소 분기마다 재무제표를 점검하고, 회계와 세무가 따로 노는 구조가 아니라 한 방향으로 정리되어 있는지 확인해야 해요.

만약 투자 유치를 앞두고 있다면, 사전 세무 점검은 더 이상 선택이 아닙니다.

세무사와 소통, 너무 ‘아날로그’하진 않으세요?

혹시 아직도 세무 관련 질문을
전화로만 묻거나, PDF 붙여서 메일로 주고받고 있진 않으세요?

스타트업은 빠르게 움직이는 조직이고, 대표님도 매일 수많은 일을 동시에 처리하죠.
이때 세무 커뮤니케이션이 느리고 반복적이면, 세금은 ‘나중에 처리할 일’이 되고 맙니다.

지금은 슬랙, 노션, 전자 서명, 실시간 문서 공유 시대예요.
스타트업에 맞는 디지털 기반 세무 커뮤니케이션이 절실해요.

이제는 단순 ‘기장 대행’이 아니라,

• 투자 준비

• 사업 구조 설계

• 세무 실사 대응

• 비즈니스 맞춤 세무 전략

을 함께 고민해주는 세무 파트너가 필요해요.
지금 소통하는 세무사가 우리 회사의 성장맥락을 이해하고 있는지, 한 번 점검해보세요.

세무 리스크는 피할 수 없지만, 대비는 할 수 있어요

스타트업을 운영하다 보면 어느 순간,
“세금 문제가 터지기 전까진, 내가 뭘 몰랐는지도 몰랐구나” 하는 순간이 찾아와요.

하지만 그때는 이미 늦을 수 있습니다.

2025년 하반기, AI 기반의 세무조사 체계가 강화되고
부가세 신고부터 연말정산까지, 세무 리스크가 곳곳에 도사리고 있는 지금이야말로
우리 회사를 ‘지키는 전략’을 점검할 타이밍이에요.

큰 문제가 생기기 전에,
지금의 구조가 괜찮은지, 놓치고 있는 사각지대는 없는지
전문가의 시선으로 한 번 점검받아보세요.